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阳光明媚的一天，史瑞克（迈克·梅尔斯 Mike Myers 配音）和菲奥娜（卡梅隆·迪亚茨 Cameron Diaz 配音）正在进行他们的蜜月旅行。在某个未知的叉路口，迷失方向的史瑞克和驴子（艾迪·墨菲 Eddie Murphy 饰）正对着一张地图争论，菲奥娜则被洋葱头做成的马车熏得直流眼泪。稀里糊涂的史瑞克找到一条荆棘丛生的险路，可是特洛尼斯突然出现劫走了菲奥娜。为了营救新婚妻子，史瑞克与驴子一路追踪，来到了一座阴森恐怖的墓园。在这里，他们竟然遭遇了法尔奎德（John Lithgow 配音）的鬼魂。一场生死两界的爱之争夺战由此展开……
本片情节介于第一部和第二部之间，系采用4D技术制作。