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园田真理、菊池启太郎的侄子条太郎、海堂直也与不知何时回来的草加雅人，一同经营着“菊池西洋洗涤铺”，同时也为俄尔以诺提供庇护。
而由政府重组的智脑公司已转变为一家旨在消灭俄尔以诺的公司，由北崎领导。
某天，为拯救被追杀的俄尔以诺，草加与海堂变身为假面骑士凯撒和蛇俄尔以诺，与消灭俄尔以诺小队的队长胡桃玲菜交战。
在那里出现了消失数年、下落不明的乾巧。乾巧变身为全新形态——假面骑士次世代555（暂译），作为智脑公司阵营的头部战力，与真理等人对战。
遭到攻击的真理等人都对此感到不解。乾巧为何会出现在智脑公司？失踪至今都在做些什么……
这一戏剧性的重逢，拉开了俄尔以诺与人类故事的新篇章……